L’antico centro di Agnone, edificato intorno all’anno Mille, si è reso autonomo dalla vicina Atina nel 1832, mentre il nome attuale è stato assunto nel 1862 per sottolineare la presenza nel proprio territorio di importanti resti archeologici di epoca romana (ville come quella Orrea, monumenti, resti di terme e di un acquedotto). Dell’epoca alto mediovale sono segnalati due piccoli insediamenti monastici benedettini e di uno di essi, la Trinità, esistono ancora due edifici: il primo è l’antico eremo ormai in rovina, con i resti degli affreschi della chiesetta, l’altro è la chiesa rifatta nel Settecento con un bel portale barocco. Dopo il Mille sorsero due castelli: l’uno, nell’attuale paese, l’altro, Rocca Malacucchiara, sopra un colle facente parte del territorio e del comune atinate. Intorno alla fine del secolo XII Agnone e Malacucchiara dipendevano dai monaci cassinesi, ma divennero feudi dei signori di Aquino ai tempi di Federico II°; successivamente appartennero ai Cantelmo ed ai signori del feudo di Sora e Alvito, fino a quando nel 1439 Riccio di Montechiaro distrusse la Rocca Malacucchiara. Con la seconda guerra mondiale i tedeschi occuparono Villa Latina che, posta alle spalle del fronte di Cassino, diviene un importante centro di retrovia. Subisce bombardamenti e notevoli danni; a causa di ciò Villa Latina non ha un vero e proprio centro storico. Conserva la tradizione della lavorazione delle zampogne
e iniziative sulla musica etnica.