Il suo nome deriva dalla chiesa dedicata all’omonimo santo e nel corso dell’Ottocento vi si aggiunse l’attributo “Saracinisco” (da Caracenisco) per ricordare la presenza dalla popolazione sannitica dei Caraceni, cui devono attribuirsi le mura poligonali e, in parte, reperti archeologici ed il sepolcreto in località “Omini morti” che, posto alle falde di monte Santa Croce, risale forse all’epoca degli scontri sannitico-romani. Numerose anforette di impasto rossiccio sono peculiari della “Cultura di Alfedena”, importante centro sannita, mentre nella necropoli a “fossa” sono stati ritrovati cinturoni di bronzo, lance di ferro e vasi smaltati di terracotta in bucchero, che attestano rapporti commerciali con gli Etruschi interessati allo sfruttamento delle miniere di ferro dei monte Meta.
Nella zona, comunque, già esisteva un insediamento stabile, come dimostra il rinvenimento di tracce di un villaggio protostorico. Dalla sua posizione strategica, San Biagio poteva controllare i passi montani delle strade comprese tra il Cominese ed il Sannio. Nel corso del XIII secolo passò di proprietà fra i diversi signori che dominavano la Valle di Comino ed in particolare Alvito. La consultazione dei vari censimenti attesta che il paese fu sempre di ridotte dimensioni: nel Cinquecento annoverava poche decine di abitanti e nel corso del XVII secolo si spopolò per essere poi di nuovo abitato da famiglie provenienti da centri vicini. Mentre nel Medioevo era presente una ramificata organizzazione ecclesiastica, con arciprete e un collegio di chierici, nel Settecento San Biagio poteva contare solamente su un sacerdote inviato periodicamente dall’abate di Montecassino. I suoi abitanti vennero coinvolti solo marginalmente dagli avvenimenti di fine Settecento e dell’Ottocento: l’unico fenomeno rilevante fu il brigantaggio, che gravò molto sulla vita del paese. Con l’unità d’Italia cominciò l’emigrazione, protrattasi anche nel primo e secondo dopoguerra, in particolare quest’ultimo, allorquando il paese venne completamente distrutto, essendo posto lungo la linea del fronte. Le aree montane del territorio comunale sono caratterizzato dai boschi e praterie d’altitudine, sorgenti e dal lago artificiale di Selva.