Comune montano di origini antiche, il cui nome, a cui fu aggiunto successivamente quello del santo patrono, deriva dall’insediamento medioevale sorto sopra una collina mentre i resti di un villaggio trovato nel suo territorio risalgono addirittura all’Età del bronzo.
La nascita del paese è ben documentata solo dopo il Mille, quando la popolazione della Civitas Castrum Coeli cominciò ad abbandonare l’insediamento del monte Asprano, dividendosi tra Castrocielo e Colle.
Colle San Magno, al contrario del vicino Castrocielo, si cinse di mura e torri per volontà
dei signori di Aquino, i quali intendevano preservare il loro dominio,
insidiato dall’abbazia di Montecassino.
Per tutto il Medioevo, Colle fu infatti conteso fra i D’Aquino e l’abbazia.
Dal Quattrocento il feudo rimase soggetto ai benedettini di Montecassino fino agli inizi del Cinquecento per poi far parte dello stato d’Arpino, del possedimento dei Boncompagni.
Il brigantaggio imperversò nella zona, sia nel periodo napoleonico quando il paese fu assalito nel 1806 dalla banda Panetta, sia nel periodo postunitario allorchè
Colle San Magno entrò nella storia dei fuori legge a causa di Bernardo Colamattei, capobanda filoborbonico originario del centro.
Durante il Regno d’Italia il paese appartenne prima alla provincia di Caserta e poi,
dal 1927, a quella di Frosinone. Durante la seconda guerra mondiale,
Colle San Magno pur essendo defilato rispetto al fronte, fu occupato dai tedeschi e fu utilizzato come deposito per i rifornimenti alla prima linea.
La popolazione totalmente evacuata, visse per tutto l’inverno 1943-44 in baracche di montagna e ritornò nelle proprie abitazioni solamente dopo il passaggio del fronte.