Situata a 926 metri di altezza al centro di un vallata posta sull'altopiano delle Mainarde,
in direzione del Volturno, è circondata da rilievi boscati ed un paesaggio carsico
con acque che si infiltrano in profondità
(da cui il nome del centro Aqua fondata, "acqua che precipita in basso").
Il paese trae origine dal processo d'incastellamento voluto dai conti di Venafro che fondarono i villaggi fortificati di Acquafondata, Casalcassinese (oggi "frazione") e Viticuso, dapprima contrastati dai monaci di Montecassino, poi da loro acquisiti intorno al 1088.
Nel 1927 Acquafondata fu inclusa ella provincia di Frosinone.
Poche le emergenze storiche architettoniche perchè gran parte del nucleo storico è stato gravemente danneggiato durante la seconda guerra mondiale,
diffuse le risorse ambientali.